評価関数変えちゃった♪ さてどうなるかなぁ。ある程度改善してくれるといいんだけど。

ここのところ頭を悩ましていた問題を、元のプログラムで試したら再現できた。やっぱりパラメータ決定がクソいい加減なんだ。 まぁ全然建設的な発見ではないのだけど、お話として書きやすくはなったかな……ｗ

もうちょっとやりたいことを整理する。 C/Fortran用のライブラリであるlibmkl_solver.aが持つ関数djacobi()に関数を渡したい djacobi()はC/Fortran用の関数なのであるから、渡す関数シンボルがマングリングされていては困る つまり渡す関数はextern"C"でくく…

また一難。でもわかってた。こうなることをこのわたくしはあらかじめ（ｒｙ パラメータフィッティングするにはある程度安定的に解けなければならない 安定的に解くにはパラメータフィッティングしなければならない ＼(^o^)／

ようやく一山越えた。長かった…… 複数の要素が絡み合ったものを調整するのは難しい。が、指針らしきものは見えてきた。 極端な要素はことごとく排除したほうがよさそうだ。

難しい。でもおもしろそう。 デフォルトでもだいたいは把握できるけど、やっぱりもうちょっとわかりやすくしたい…… Mgの一番深い軌道がS型なのはいいとして2番目がなぜP型なんだ……しかも5番目も同じ軸のP型だし。わけわからん…… 追記 勘違いだっt 軌道タイプ…

研究で使ってる計算機群へのゲートウェイサーバが逝った。おそらくは"/"をマウントしてるディスクがお亡くなりに。まぁ/homeさえ生きてれば大丈夫なんだけど。 今日はそのサルベージを試みた。 とりあえずKNOPPIXを焼いて立ち上げてみた。HD認識しない。……あ…

ちょっとパラメータ最適化したいだけなのにJacobian出現。 しかしなぁ。確かに座標変換と見なせないことはないけど、 入力 謎の近似ポテンシャルのガウシアン展開係数 出力 正しい軌道エネルギーとの差と、wave functionに原子核からの距離をかけて積分した…

演算子(operator)ってよくわからんし、どうせ何かの基底で展開して行列にするんだからmatrixって呼ぼうぜ！ →ツリー構造の基底を作ってみたよ！ →演算子が行列表現じゃなくなったけど、演算としては対応するから、こいつもmatrixって呼ぼうぜ！ なんか混乱し…

俺「プロトタイプ版と比べても結構遅いんですよねー」 開発者の先生「どこが遅いか知りたいからプロファイル取って教えてくれね？」 というわけで調べてみたのだが…… ある特定の関数で処理時間の83%を占めていた。トータルで2億5000万回ほど呼ばれていた。処…

1[a.u.]=4.3598E-18[J] 1[eV]=1.60217733E-19[J] 1[eV]=0.036748872195972292306986559016469[a.u.] 1[au]=27.211719441817342403665142359741[eV] 1[J]>>1[a.u.]>1[eV]

先が見えません。 なんというか、ロードモナークでバリケードのこっち側は埋めたけど、向こう側にめちゃ強いのがいて今柵壊したら蹂躙されるから、柵を維持しつつ兵力貯めるしかない感じ(ぇ モナモナの新作とか出さないのかなFalcom……

妙に間が空いてるな……まぁいいか。 使えるリソースの限界が小さすぎてまともに研究にならん。……ウソです。本当は「使おうとするリソースが無駄に大きすぎる」です。 うーむ。環境のせいにしたいところだが、それを克服するのも技術だろう。結局は単なるヘタ…

他人が作りかけで投げたソースを大幅に加筆修正して動くようにする作業はもう疲れたよﾏﾏﾝ('A｀) 追記 やっとコンパイル通った。 ここからがほんとうの地獄だ……！

どうにも合わないので、パラメタを自分でフィッティングしてみることにした。論文まだちゃんと読んでないけど、コードはとりあえず書けたし。 6個のパラメタを適当に増減して、1軌道問題を解いて、"pivotal quantity"とやらを数値微分する。微分がもっとも大…

生活の乱れは日記執筆ペースの乱れに繋がる……！ 内殻電子の軌道と固有値をMRMW解にしたら余計軌道エネルギーが下がった罠。-3.14251318e-01て。 やっぱりGaussianで補正したパラメタじゃぁ合うわけないのだろうなぁ……

Hartree-Fock法がだいぶわかってきた。 やっぱり自分で組んでみるとちゃんと理解できるね。直交化重要。 ……しかしほんと今更だな。初めて触れてからもう2年くらい経つんだがorz さて、とりあえずBeの全電子計算ができたが、やはり2s軌道の軌道エネルギーは-0…

早くベリリウムの価電子軌道エネルギーを計算する作業に戻るんだ！ ……なんで1.6kcal/molも違うんだよう。原子単位だと0.002しか違わないから、一見大したことの無いように見えてしまう罠。

なんか、ひょんなことから変なことを見つけてしまった。 既存の方法は意外といい加減だった。とはいえ、ちゃんと再現したからといってどうなの？というのはある。 気になるのは、ちゃんと再現できるように基底が組まれているにもかかわらず、解がそこには収…

終わった。 「それあんま意味なくない？」的なことを言われたが、その通り。そんなに意味ありませんよ。でも皆無ではないのです。 とっさに名前が出てこなかったけど、多分ポリエンくらいまではいけるようになる。4量体くらいで音を上げるかもしれんけど。そ…

今まで実装しようと試みていたものがどうにも安定しないので、諦めて独自路線へ。でもこっちの方が収束しそうだし、うまく行きそうだし、速くなりそうなんだもん。いいことずくめだぜ。まぁ相対論的効果なんて知らんけどな！ しかしコアのシステムは最新版が…

ProjectionOperatorが効いてない理由が分かったが、根本原因はまだ謎。

致命的な単純ミスを発見したが、直してもちゃんとした結果は出なかった。 そう甘くはないか……

なんかメモリ不足らしき不具合が多発。計算できない。 調べてみると、別に何も計算走らせてないのに2956196k usedとか。何故だ。 $ ps -ely --sort rssで見て、rssの値を全部足してもたかだか37,320kB。 topのメモリ使用量はpsでのrssの値と対応しているのか…

結構前に研究室のサーバが1台死んだので、復旧させようともくろんでいる。 これまではFedoraだったが、計算にしか使わないし、先進的な機能はむしろ互換性の敵なので、CentOSにしてやろうと企んだ。 とりあえずイメージを焼いたものの、なんだか忙しく、実際…

ワークショップ終了。とりあえず肩の荷が下りた。 寝てないからすげー眠い。帰りたいけど大学院特別講義とやらがあるので帰れない。 ううう。せめてスーツくらいは着替えさせてほしかった……

古典的なHartree-Fock計算をECMAScriptで実装したら、どのくらいのパフォーマンスが出るんだろう？ ECMAScriptで数値計算なんかすんなよｗ といってしまえばそれまでだが。 http://gigazine.net/index.php?/news/comments/20070212_papervision3d/ ←こういう…

Density functional theory - Wikipedia 密度汎関数理論 - Wikipedia この充実度の差は('A｀)

結構前に計算機が1台、謎の原因でブートセクタが壊れただかなんだかしたせいで、ブートしなくなっていた。 ようやく時間ができたので、OSでも入れようと思う。 これまではFedora core3だった。いい加減古いので、別のを入れる。 Fedora7でもいいんだが、ここ…

ようやくコンパイル終了。今回は64bitでも動くぜ。 でも64bitの方が遅いけど(´・ω・｀) Core2マシン欲しいな……