dvipdfmx

PDFにしおりを付ける。普通にやると文字化けするので、プリアンブルに以下を追加する。

\usepackage[dvipdfm,bookmarks=true,bookmarksnumbered=true,bookmarkstype=toc]{hyperref}
\AtBeginDvi{\special{pdf:tounicode 90ms-RKSJ-UCS2}}

WindowsLinuxの自動切換え

pTeX にある \euc プリミティブを使えば Windows でも、Linux でも同じソースファイル(JIS)で PDF にしおりを設定できた。

 \ifnum 42146=\euc"A4A2 \AtBeginDvi{\special{pdf:tounicode EUC-UCS2}}\else
 \AtBeginDvi{\special{pdf:tounicode 90ms-RKSJ-UCS2}}\fi
pTeX の内部コードを判別して hyperref の設定を切り換え | nDiki

追記

Linuxへ環境移行しようと思ったらLinuxでのTeX環境も整えねばならんだろうな……
それはそうと、dvipdfmxって子音ばっかりで読みにくい。
「でぃーぶいあいぴーでぃーえふえむえっくす」と読んでるけど、他にいい読み方ないだろうか?