ぜんぶUTF

すべてのソースをUTF-8で書き、自然な流れでTeXとして処理するには、

• 標準フォントですべてCID対応
• TeX内部での文字指定をすべてCID化

くらいやらないとダメなんだろうな。前者はデータ作成の手間が結構ありそうだし、後者は大がかりな改造になるんだろう。
現状でUTF-8を使いたければOTFパッケージとutf8toutfを併用して特殊な処理をしなければならない。Shift_JISで定義されてる範囲の文字しか使わないならplatex.exeに引数渡すだけでいいけど、その範囲内の文字しか使っていないことをどうやって保証するか。
EmEditorなど、ちょっと気の利いたエディタなら現在の文字コードから逸脱したものは指摘してくれる。その辺の機能を使うと楽だが、そうするとソース自体をShift_JISで書いておいた方が都合がいい。
ソース自体をUTF-8にしてしまうと、エディタが警告してくれない。保存しようとしている文字は間違いなくUTF-8であって、Shift_JISに変換できるかどうかは、保存する時点ではエディタには関係のないことだから。
結局、タイプセット前にutf8toutfを挟むようなバッチでも書いておいて、基本はShift_JISで書き、特殊文字が必要になってきたらバッチを使うように切り替える、とかが楽かなぁ。全部UTF-8にして毎回バッチかませてもいいけど……
結局のところ、単なるユーザなら文字コードに対するこだわりなんて意味がない。表示できればいいし、印刷できればいい。それだけの話なんだろう。